几乎就在2003年淘宝网站在被制作的过程中间，马云和阿里巴巴的高层就开始了对网上支付的研究。
“我们几乎看过了所有国内外电子商务的支付工具，到现在，《PAYPAL》这本书还放在阿里巴巴很多人的案头。但我们认为，那些都不适合于中国现在的国情，我们必须重建一个。”马云说。
确实相对于国外的信用体系来说，要把现实中的支付搬到网上交易中去，中国的信用卡和银行制度存在着巨大的问题。在eBay生长的美国，没有多少人敢于尝试对一个卖家预付过来并得到自己认可的产品不付钱。这意味着接下来所有的银行都会对你停止贷款，你将不能通过信用卡付水电费房租，你将不能通过刷卡来进行消费，在美国这些对于个人来说几乎就像回到太空那样不方便——银行信用体系构成了他们的生活基础。而在中国，手持现金几乎是最主要的支付方式，即便在大宗交易中，人们依然可以看到现金的出现。而这个现象的背后，是银行信用的缺失，没有了银行信用，当然也就没有银行监督。在小宗商品的交易中，信用问题必须通过一手交钱、一手交货来解决。而在电子商务中，一手交钱一手交货是做不到的，如果要把电子商务做大，物和钱就必须分开，因为电子商务做大后就不可能让网上的卖家拎着货到买家那里去收钱。
尽管制度上有着重大差别，但2003年马云和阿里巴巴的高层还是国外诸多支付性网站上看到了一个可以模仿的对象，它的名字叫escow.com，这个网站提供了一种第三方担保的方式。流程比现在的支付宝要复杂，它是把买家的钱和卖家的货都收到它那里，经过它检验，钱货两讫，再把货和钱分别送到买家和卖家那里.这给了马云和他的高层一个解决中国电子商务支付问题的最初模型。
而在淘宝开通后，他们不断地与会员们交流，了解他们的需求，试图寻找解决的方案。
“大概在淘宝开通后三个月，支付宝的模型才构思完整，我们开始着手下一步的工作，寻找银行的合作伙伴了。”马云说。
支付宝出现以前的电子商务流程中，买家和卖家在大部分情况下是不见面的。物流主要通过物流公司来解决，买家上网看中了货以后，双方可以通过诸如电话、网上聊天工具等手段来解决交易过程。然后买家把钱打到卖家的银行账户中，卖家在收到钱以后把货发出。
在这个看似简单的过程中，买家承担着很大的风险，因为当他把钱汇给卖家的时候，他已经把交易主动权完全让给卖家，尤其是在买卖家采用网上聊天工具交流的时候，卖家经常会采取注销自己号码的方式，拿了钱不给货。这种交易的不安全性让众多想从网上买东西的人束了手。
因此支付宝的方式是，买家把钱先汇到支付宝上他自己的虚拟账户里，由支付宝通知卖家买家的钱已经到账，可以向买家发货。而当买家收到货以后（也就是卖家把货发出后一段时间内）通知支付宝，验货完毕，可以付钱，于是支付宝就把买家虚拟账户里的钱转移到卖家同样设在支付宝的虚拟账户里，卖家就可以通过银行把这个帐户里的钱取走。因此实际上支付宝承担的一个第三方的担保功能，与马云最早看到的那个国外网站一样，只不过支付宝不承担验货的功能。
如果我们在序言中的亚齐——穆罕默德交易过程使用的是支付宝的话（当然实际上处于未来世界的他们不大可能还要通过支付宝这样一个第三方体系来支付），那么亚齐在选定穆罕默德那里的某种剃须刀后，他会打开贴在穆罕默德网店上的支付宝标签，在那个页面上输入自己的相关数据(他的账号和密码)，并通过网上银行授权支付宝从自己的银行账户里取走这笔钱。
再次引入这个交易案例是为了说明实际上钱的流向，在得到亚齐的授权后，支付宝通过银行在亚齐的账号里取走了这笔钱，把它划入支付宝在银行的账号里——通常这会是在同一个银行。而在支付宝的这个大账号里，亚齐有着一个独立的子账号，这就是支付宝所谓的虚拟账号。此时亚齐会有一段时间来收到和确认穆罕默德的货物，而在他向支付宝确认收到了货以后，支付宝首先是在银行自己的账号里把属于亚齐子账号的钱划到穆罕默德的子账号里，然后再给银行指令，授权银行从支付宝的账号里把这笔钱划给穆罕默德。
“刚刚推出支付宝的时候，卖家们有很大的不乐意。因为支付宝的实质是取消了他们对交易的控制权。在网上交流的时候，很多人对我说：淘宝你不信任我们。”马云说。
在这个问题上，马云和淘宝的高层没有让步。他们告诉卖家，网上交易的巨大价值在于方便，但是就当时的情况，买家承担的巨大风险将使他们对于这种风险的恐惧超出交易的方便带来的诱惑。而对于卖家来说，买家的购物冲动大小决定了网上交易的生死，此时卖家就必须让步，而这种对交易的控制权的让渡会减少交易中的摩擦，扩大交易量，最终还是会让卖家得益的。