2003年5月，淘宝网站上网；2003年7月7日，阿里巴巴宣布淘宝为自己投资的C2C网站；2003年10月，支付宝投入使用。但是很快，支付宝就脱离淘宝，成为一个独立的公司。
实际上，从一开始马云就没有想让支付宝成为淘宝的一部分。“他想解决的是整个国内电子商务中的支付问题，而不是仅仅想给淘宝找一个支付的解决方案。所以支付宝必定是要从淘宝中脱离出来的。”支付宝的一位高层说。“脱离淘宝支付宝才可能成为一个真正的第三方支付平台。”而作为一种反应，已经有一两千家网上商店采用了支付宝作为网上交易的支付工具。
就目前而言，支付宝和淘宝一样，也是一个成本中心。“支付宝现在每天的交易大约在三到四万笔，每笔交易时间大约为三天，因此长期驻留在支付宝上的资金大约为一个亿左右。虽然看起来这是一笔很大的钱，难免有人认为阿里巴巴会不会动用这笔钱。甚至有人觉得支付宝依靠这笔钱的利息也可以维持运转。可以告诉大家的是，支付宝是一个经过银监会批准的第三方担保公司，它的资金流转是受到银监会监控的，因此我们必须以存款的形式保存这笔钱。确实支付宝与银行有协议，这笔大约一亿的资金银行是按协议利息付给支付宝的，但总数每年不过一百五十万左右。而支付宝的人员就达90人，每年的工资开支就远远超过这个数字。另外，支付宝大量的资金过户需要付给银行手续费，这笔钱的数字也远超过利息收入。”支付宝的负责人这样解释支付宝是现在是阿里巴巴的一个成本中心的原因。
不过马云和阿里巴巴公司的高层看起来并没有把支付宝的费用看得很严重。与淘宝同样，它是一个免费提供给所有人使用的平台；同样与淘宝一样的是，支付宝免费的原因是因为对支付宝来说，马云认为还没有想好怎样来收钱。马云认为现在阿里巴巴赚的钱足够来支持整个体系的运作，这就足够了，淘宝和支付宝现在更应该想的是如何来创造价值。只要创造了足够的价值，将来不愁收不到钱。
仔细考虑支付宝的价值，我们可以轻松地得出结论：它的价值当然首先体现在通过这样一种第三方担保的形式，支付宝在每一宗网上交易中起到了一个解除买卖双方心理负担的作用，使买卖轻松地得以进行；不过它更重要的价值还不仅仅体现在一宗交易上，通过降低每宗交易买卖双方的信用问题，支付宝更重要地解决了网上小宗交易的最核心障碍，使这种方便的交易形式中最瓶颈的部分得到基本解决，从而扩大了网上小宗交易的可适用程度。相比之下，后者才是支付宝的真正价值所在。如果我们用网下的交易来做个比方：支付宝就好像网下交易中的保人，一个买卖双方都信任的保人的出现使他们的交易可以顺利实现，而一个在某乡镇里大家都相信的保人则可以让这个村里所有的村民之间的交易更为频繁，进而使大家都享受到交易带来的好处。
不过，似乎与每一次的尝试一样，首先马云希望他能带给社会以价值，当这种价值出现以后，他认为还不够，“能不能再多一点。”
再多一点的价值来自于支付宝的赔付体系。
究其实质，支付宝是一个起到担保作用的第三方担保公司。在有了支付宝这个构思之后，马云和他的高层们给支付宝设计的广告词是：“你敢用，我就敢赔”。
支撑这个广告之后的是一整套把信用更为强化的想法。除了用支付宝来降低交易风险之外，马云和他的高层们认为既然风险已经被降低到这样的程度之后，支付宝可以干脆把这种风险全部承担起来。
仔细阅读过本章前两节的读者可能存在这样的疑问：有了支付宝这样一个构思，网上交易的风险还会在哪里存在？但事实是，支付宝必须面对所有交易中大约千分之二三的纠纷。
现在我们将对支付宝体系下网上交易还可能产生的纠纷的可能性进行说明。有三种情况的读者必须接着往下读，另外的读者可以尽管跳开下面关于网上交易纠纷的说明部分。而必须读这一部分的三种读者是：
认为自己未来有可能在网上购物或者在网上卖东西的；
在金融系统内工作又对新事物有兴趣的；
想考验一下自己的智力和理解水平的。
我们已经说过网上交易的流程：支付宝是一个起到担保作用的第三方，当买家看中卖家的东西以后，可以把钱打入支付宝，支付宝就通知卖家发货。当买家收货后，支付宝将催促买家在一定期限内验货，卖家的货得到买家的确认后，支付宝再把钱付到卖家的帐户上。
这里存在的可能纠纷是卖家发货后买家不确认。而不确认的原因又分几种：首先是买家无诚信想赖账；一种是卖家的货确实有问题；最后一种是卖家的货发出时没有问题，但到了买家手里出现了问题。