支付宝有一整套成形的手段来应付纠纷。对于买家无诚信的情况，支付宝设定了一定的期限，在这个期限里如果买家无付款表示又不提交证据说卖家的货有问题，那么支付宝就会在期限过后把钱自动支付给卖家；如果是卖家的货有问题，那么买家必须提交货有问题的证据，而卖家也有机会提交货无问题的抗辩证据，支付宝将会来做一个判断，得出最后是应该把钱付给卖家还是让买家退货把钱退给买家。
而最后一种情况就是支付宝在这千分之二三的纠纷中必须要赔付的情况，如果买卖双方有足够的证据证明，卖家的货发出时没有问题而到了买家手里时就出现了问题的时候，支付宝将赔给卖家所有的货款，而把买家的钱退还到他的账户上。事实上，支付宝在两年多的运行中，确实赔付了几十万块钱，则最大的一笔金额是三万多块。
“我们大概有六七个人专职地来处理买家和卖家交易中发生的纠纷问题，他们都是各种商品领域的行家，对于买家和卖家提供的图片和说明看一眼，大概就知道其中的问题所在。比如说现在交易中投诉比较多的是手机交易中的水货问题，我们处理手机交易纠纷的就是一位行家，他基本知道各种品牌的手机在中国的水货情况，从图片上就可以大致知道一台手机是不是水货。”
“必须告诉大家的是，网上其实没那么多骗子。绝大部分买家和卖家都是很有诚信的。如果有一套机制来约束，这种诚信度就会更高，这从我们支付宝的实践中就可以看出来了。事实上，我们打出‘你敢用，我就敢赔’的口号时，对赔付金额的估计值远大于现在实际的赔付值。”马云总结说。
虽然支付宝现在在阿里巴巴公司一共两千五百人的结构中只占有90人的位置，看起来是一个很小的子公司。但是现在却是阿里巴巴最活跃的一个部分，整个公司中大约有70%以上的对外谈判和合作，都是通过支付宝公司这个平台进行的。
这其中的主要原因是因为马云所有尝试解决中国电子商务中资金流和物流的努力都通过这个平台运作。而支付宝在解决资金流问题中，实际也确实把物流的问题牵扯了进来。
“在有了对买家和卖家的纠纷解决机制以后，支付宝在运行中实际赔付的所有资金实际上都指向了物流。”支付宝的一位高层说。
简单地想一想就会理解这其中的原因。前面已经提到，交易纠纷的处理机制基本上确保了支付宝只有在卖家有足够的证据说明货从他这里出手的时候是好的，而买家有足够的证据说明货到他手的时候是坏的时才有赔付的情况，而这种情况基本上都是在物流在运送货物的时候出现了问题。
即使物流公司承认货物出现问题，它的赔付一般也不会根据货物的价值，而更多地是根据运费的价值来计算的。因此支付宝的赔付很自然地就牵出了物流。
“目前支付宝已经在它的网面上链接推荐了两家物流公司，但阿里巴巴不会介入物流。我们的希望是与现有的物流公司合作，把淘宝网和支付宝的业务涉及到物流的一部分打包给指定的物流公司。并以淘宝和支付宝对会员的服务标准嫁接到物流公司去。”马云这样说。
事实上，要求物流公司达到这样的标准并不容易。首先是因为物流价格和服务水平之间的冲突，淘宝和支付宝的用户大多进行的都是一些小宗买卖，因此对物流的价格十分敏感，这就限制了支付宝在选择物流公司上不可能用顶级公司，而廉价物流公司的服务水平达不到淘宝和支付宝的要求；另外，电子商务的遍及范围十分广泛，对物流公司的网络要求很高，支付宝和淘宝的买卖中，很可能出现一个贵州某个村里的买家向上海的卖家买了一台手机，因此要求支付宝推荐的物流公司有高度发达的网络，使货物可以安全到达；最后，支付宝所涉及的业务都是电子化了的，要求物流公司有强大的电脑体系来进行对接。
不过，支付宝手里也有足够的筹码来吸引物流公司与之合作。那就是目前每天高达数万笔的交易，它必然带来强大的物流要求；同时这种交易的增长量更是引人注目，一个着眼于未来的物流公司是会重视与它的合作的。